Sekolah Tinggi Perikanan diselenggarakan oleh Kementrian Kelautan dan Perikanan, dimana pembinaan secara teknis akademik dilakukan oleh Kementrian Pendidikan Nasional melalui Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, dan pembinaan teknis operasional dan administratif dilakukan oleh Kementrian Kelautan dan Perikanan melalui Kepala Badan.

Sekolah Tinggi Perikanan mempunyai fungsi menyelenggarakan:
  • Pelaksanaan pendidikan keahlian dan pengembangan di bidang perikanan dan kelautan;
  • Pelaksanaan penelitian terapan teknologi perikanan dan kelautan;
  • Pelaksanaan pengabdian kepada masyarakat;
  • Pelaksanaan pembinaan sivitas akademika dan hubungannya dengan lingkungan;
  • Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga.
Organisasi Sekolah Tinggi Perikanan terdiri dari unsur-unsur:
  • Pimpinan: Ketua dan Pembantu Ketua;
  • Senat STP;
  • Pelaksana Akademik;
  • Pelaksana Administrasi;
  • Penunjang;
  • Kelompok Dosen.