Unsur Pimpinan Sekolah Tinggi Perikanan terdiri dari Ketua dan tiga Pembantu Ketua.

Ketua STP mempunyai tugas memimpin penyelenggaraan pendidikan, penelitian terapan, dan pengabdian kepada masyarakat, serta membina pendidik, tenaga kependidikan, taruna, serta membina hubungan dengan masyarakat dan lembaga terkait, Bilamana Ketua berhalangan tidak tetap, Puket I bertindak sebagai Pelaksana Harian Ketua.

Pembantu Ketua terdiri dari:

  • Pembantu Ketua Bidang Akademik (Puket I)
  • Pembantu Ketua Bidang Administrasi Umum (Puket II)
  • Pembantu Ketua Bidang Ketarunaan (Puket III)

Pembantu Ketua I STP bidang akademik yaitu dosen yang mempunyai tugas tambahan membantu Ketua dalam memimpin pelaksanaan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat.

Pembantu Ketua II STP bidang administrasi umum yaitu dosen yang mempunyai tugas tambahan membantu Ketua dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di bidang keuangan dan administrasi umum.
Pembantu Ketua III STP bidang ketarunaan dan alumni yaitu dosen yang mempunyai tugas tambahan membantu Ketua dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di bidang pembinaan dan pelayanan kesejahteraan taruna.

Sejak berdirinya Sekolah Tinggi Perikanan, telah terjadi 14 kali penggantian Ketua yaitu :

1. Dr. Rustam Singgih 1962 – 1966
2 Kol. (L) Sutejo Ismai 1966 – 1967
3 Ir. Hadi Atmowarsono 1967 – 1972
4 Drs. Rustam Budiono 1972 – 1976
5 Ir. L. Hasyim Ardidja 1976 – 1991
6 Ir. Mat Siin Asan 1991 – 1994
7 Ir. H. Abdul Munif Kadir 1994 – 2001
8 Dr. H. Wahyono HP,M.Ed 2001 – 2003
9 Ir. Dedy H. Sutisna,MS 2003 – 2004
10 Dr. Ir. Iin Siti Djunaidah,M.Sc 2004 – 2006
11 Dr. Maimun, M.Ed 2006 – 2010
12 Dr. Aef Permadi, S.Pi, M.Si 2010 – 2012
13 Dr. Djodjo Suwardjo,MM 2012 – 2013
14 Ir. Tatang Taufiq Hidayat,MS 2013 – 2014
15 Dr. Ir. I Nyoman Suyasa,MS 2014 – 2016
16 Ir. Moch. Heri Edy,MS 2016 – Sekarang